1) Размноженный in vitro фрагмент получают в количествах, достаточных для его прямого секвенирования.
2) Клонирование заданных фрагментов ДНК, т.е. извлечение из состава молекул ДНК известных нуклеотидных последовательностей с целью встройки их в молекулярные векторы
3) Создание олигонуклеотидных микрочипов
Олигонуклеотидная микроматрица – система олигонуклеотидов известной последовательности, иммобилизованных на твердом носителе в строго определенном порядке.
Цель – секвенирование коротких фрагментов ДНК путем гибридизации.
В качестве твердого носителя используют стекло, нейлоновые мембраны, силиконовые поверхности.
Препараты ДНК, предназначннные для гибридизации на микрочипе, флуоресцентно метят. После гибридизации и отмывки микрочип анализируют с помощью лазерного сканера. Аналогично создается матрица на основе мРНК, служащая для изучения экспрессии генов.