• Руководство;
• Служба контрразведки;
• Служба по защите конституционного строя и борьбе с терроризмом;
• Служба экономической безопасности;
• Служба анализа, прогноза и стратегического планирования;
• Служба организационно-кадровой работы;
• Служба обеспечения деятельности;
• Управление военной контрразведки (3-е управление);
• Инспекторское управление;
• Следственное управление;
• Управление собственной безопасности(9-е управление);
• Управление делами - Договорно-правовое управление;
• Военно-мобилизационный отдел (10-й отдел) и др.
Принципы деятельности федеральной службы безопасности (ст. 5 ФЗ «О ФСБ»)
• законность;
• уважение и соблюдение прав и свобод человека и гражданина;
• гуманизм;
• единство системы органов федеральной службы безопасности, а также централизация управления ими;
• конспирация, сочетание гласных и негласных методов и средств деятельности.