В эпоху палеолита Землю покрывали ледники, и уровень моря был на 100 метров ниже нынешнего. Япония пока не была архипелагом, а объединялась перешейками с Евразией. Японское море было в те времена широкой низиной. Хоть ледники и не доходили до Восточной Азии, однако они оказывали значительное влияние на климат тех мест. Япония находилась в азиатской степной экозоне, флора которой состояла в основном из лесостепных трав. Из фауны стоит отметить мамонтов, слонов Наумана, большерогих оленей и других животных, мигрировавших на эту землю из Сибири.
Впервые люди прибыли на Японские острова в начале японского палеолита, который
длился с 40 тысячелетия до н. э., по 12 тысячелетие до нашей эры. Люди, прибывшие по перешейкам в древнюю Японию, добывали пищу охотой и собирательством, создавали из камня первые грубые орудия труда. Это время именуется периодом докерамической культуры, потому что люди не могли делать изделия из керамики.