Продуцируемые базофилами БАВ обладают высокой физиологической активностью. Так, гепарин — это основной антикоагулянт, т.е. вещество, препятствующее свертыванию крови. Гепарин ингибирует фибринолиз (разрушение фибрина) и многие лизосомальные ферменты, гистаминазу, разрушающую гистамин, тормозит фагоцитоз и пролиферативные процессы. Гистамин является антагонистом гепарина: усиливает тканевую проницаемость, расширяет артериолы, увеличивает количество функционирующих капилляров, повышает проницаемость капилляров, усиливает гемокоагуляцию. В высоких концентрациях гистамин вызывает воспаление. Базофилы продуцируют хемотаксические факторы: эозинофильный, нейтрофильный, которые способствуют привлечению к месту накопления базофилов на «помощь» соответственно эозинофилов и нейтрофилов.