Способ организации энциклопедии важен для удобства её использования в качестве справочной литературы. Исторически сложилось два основных способа организации энциклопедии: алфавитный и иерархический.
Алфавитная (или алфавитно-словарная, или просто словарная) организация основана на расположении отдельных не связанных между собой статей в алфавитном порядке названий их предмета. Энциклопедии, в которых информация разделена по словам и словосочетаниям, называются энциклопедическими словарями, например, 82-томный Энциклопедический словарь Брокгауза и Ефрона, 58-томный Энциклопедический словарь Гранат,Википедия. Разновидностью энциклопедий являются также энциклопедические справочники, в которых статьи представлены в предельно сжатой форме.
Системная (или логически-тематическая, иерархическая) организация Кроме того, существуют энциклопедии, в которых информация разделена по отраслям знаний, например, 12-томная Детская энциклопедия.
Существуют и энциклопедии смешанного типа, например, большая часть Большой советской энциклопедии построена как энциклопедический словарь, но том «СССР» построен по логически-тематическому (иерархическому) принципу.
Новые возможности для организации энциклопедии создают электронные устройства, позволяющие, например, проводить поиск по ключевым словам.