Кроме защиты организма от микробов, отдельные компоненты комплемента и их фрагменты играют важную роль в регуляции проницаемости и тонуса сосудов, хемотаксиса клеток, взаимодействия между клетками. Это подтверждается данными о нарушениях, происходящих в организме человека при врожденном отсутствии или недостаточности отдельных компонентов комплемента. Так, при дефиците компонента С1 наблюдаются проявления волчаноподобного синдрома, рецидивирующие инфекции, при недостатке С3 — пурпура Шенлейна — Геноха, при врожденной недостаточности ингибитора С1—признаки ангионевротического отека и др.
Избыточное образование отдельных фрагментов компонентов комплемента также сопровождается нарушением процессов жизнедеятельности. Изменения сердечного ритма и шок после гемодиализа, легочный шок связаны с резким активированием образования С5а-фрагмента, обладающего хемотаксическими свойствами и вызывающего агрегацию лейкоцитов и прилипание клеток крови к эндотелию сосудов. Ряд заболеваний сопровождается вторичной недостаточностью компонентов комплемента, что следует учитывать в их терапии (особенно при остром гломерулонефрите и пересадках органов).