Наиболее существенным недостатком бартера принято считать его несоответствие принципам не–дискриминации и многосторонности торгового обмена, закрепленным, в частности, в документах Всемирной торговой организации/Генеральном соглашении по тарифам и торговле (ВТО/ГАТТ).
В таком контексте продажи, к примеру, США сельскохозяйственной продукции по бартеру по ценам ниже внутренних закупочных следует рассматривать как разновидность субсидирования и нарушение принципа многосторонности обмена, поскольку предложения на бартер делаютя не в открытой форме, не всем заинтересованным сторонам, а даются, как правило, на двусторонней селективной основе.
К недостаткам бартера принято относить необходимость совмещения потребностей партнеров. Продавец, заинтересованный в бартере вынужден искать покупателя, имеющего именно тот товар, в котором нуждается продавец. Это, как правило, связано с дополнительными трудностями и издержками. Бартерные сделки, вопреки сложившемуся мнению, значительно труднее структурировать и исполнять, чем нормальные коммерческие контракты. Бартер, как правило, связан с проведением сложных ценовых переговоров и необходимостью согласовывать количества встречных товаров.
Бартерные сделки часто сопряжены с трудностями в управлении качеством товаров.
К недостаткам бартера относят то, что он зачастую более выгоден для одной из сторон в сделке. В случаях, когда контракт заключается по настоянию одного из партнеров, у другой стороны часто возникают трудности в использовании или реализации получаемого встречного товара.
Встречные закупки
По условиям сделки встречной закупки продавец поставляет покупателю товар на обычных коммерческих условиях и одновременно берет на себя обязательство закупить у него встречный товар в размере определенного процента от суммы основного контракта. Таким образом встречная закупка предусматривает две юридически самостоятельные, но фактически взаимосвязанные сделки купли–продажи.