Більшість префіксів, що вживаються в українській мові, мають правописні особливості. Їх пишуть за певними орфографічними правилами, й вони є орфограмами.
1. Перед буквами, що позначають голосні та дзвінкі й сонорні приголосні звуки, пишеться префікс з -: згаяти, зорати, зв 'язати, зробити.
2. У словах, корінь яких починається звуками [к], [п], [т], [х], [ф], вимовляється і пишеться префікс с-; сказати, спитати, стерпіти, схвалити, сфотографувати.
3. Якщо корінь слова починається двома чи трьома приголосними, то вживається префікс зі- (варіант префікса з -): зібраний, зітхнути, зізнання, зірвати.
4. Префікси роз-, без-, воз-, через- завжди пишуться з буквою з: розвиднілось, безсистемний, возвеличити, черезсідельник.
5. Префікси пре-, при; прі- різняться значенням:
а) префікс пре- в українській мові виражає збільшену міру ознаки, якості й своїм значенням близький до слова дуже: предобрий, премудро, пречудова;
б) префікс при- має значення приєднання, наближення: приписати, прилетіти, приклеїти, частковості дії: присісти, причинити; результату дії: приборкати, прив 'язати,
в) префікс прі- вживається у кількох словах: прізвище, прізвисько, прірва.
6. У префіксах від-, під-, над-, об-, між- кінцевий приголосний ве змінюється: відзначати, обстеження, міжрайонний, підходити, чадрізати.