В соответствии с федеральным законом, принятым в 1999 г., и до внесения в него поправок в 2004 г. глава субъекта федерации избирался всенародно (за исключением Дагестана), прямым и тайным голосованием.
Межрегиональные различия ранее касались таких деталей выборов, как порог необходимой явки и проведение выборов в один или два тура. Позднее федеральное законодательство регламентировало обязательное проведение губернаторских выборов в два тура с целью повышения легитимности губернаторов (если ни один из кандидатов не получает 50% голосов в первом туре, то проводится второй тур, который выигрывает кандидат, получивший относительное большинство голосов).
В соответствии с законодательством 2004 г., применение которого началось в первые месяцы 2005 г., глава субъекта федерации назначается президентом России с утверждением его кандидатуры региональным законодательным собранием (модель назначаемого губернатора с элементами модели "парламентской республики"). Президент вносит единственную кандидатуру губернатора в законодательное собрание. Этому предшествует процедура подбора кандидатур. На первом этапе она предусматривала формирование списка из двух и более кандидатов на пост губернатора в полпредстве в соответствующем федеральном округе и администрации президента. Глава государства делал выбор одной кандидатуры из этого списка. В конце 2005 г. федеральный закон ввел еще одну возможную процедуру — выдвижение кандидата партией, одержавшей победу на выборах в региональное законодательное собрание (при условии, что эту кандидатуру прежде поддержит большинство депутатов). Эта процедура определила слабую тенденцию к развитию в российских регионах модели "парламентской республики" вместо моделей выборного губернатора и губернатора, назначаемого президентом единолично (однако окончательное решение остается за президентом страны).
Другой сценарий предполагает досрочное сложение губернатором полномочий с целью поставить перед президентом вопрос о доверии. В случае подтверждения доверия президент вносит кандидатуру губернатора на утверждение в законодательное собрание. Эта процедура использовалась, чтобы ускорить переход к новой схеме формирования губернаторского корпуса. Как показала практика назначений в 2005 г., данный сценарий использовался значительно чаще, чем "основная" процедура, связанная с истечением срока губернаторских полномочий.