Поначалу регионы определяли срок полномочий своих выборных руководителей самостоятельно. В большинстве случаев использовался четырехлетний срок, что просто повторяло срок президентских полномочий в России, хотя некоторые регионы устанавливали более продолжительные сроки. Отдельные республики сразу же ввели пятилетний срок (например, Татарстан в 1991 г.). В апреле 1993 г. губернаторы избирались на пять лет, что также повторяло российскую практику (президент России в тот момент отрабатывал пятилетний срок, будучи избранным в 1991 г.; четырехлетний президентский срок введен конституцией 1993 г.). Рекорд принадлежал Калмыкии, где в 1995 г. президент был избран на семь лет.
После федеральной регламентации 1999 г. установлено, что срок губернаторских полномочий не может превышать пять лет. Это стало большой уступкой регионам, которые получили право на более продолжительный срок полномочий своих руководителей, чем тот, который имеет президент страны (в результате в России стала практически невозможной синхронизация президентских и губернаторских выборов). Однако семилетний срок полномочий президента Калмыкии стал невозможным.
На практике это привело к тому, что регионы стали постепенно менять положения своих конституций и уставов и вводить пятилетний срок губернаторских полномочий вместо четырехлетнего.
Законодательство также ограничивало срок пребывания одного и того же лица в должности двумя сроками подряд. Сами регионы в период, когда системы региональной власти устанавливались на местах, не выработали единой позиции по данному вопросу. Одни субъекты федерации и здесь копировали федеральное законодательство и вводили ограничение на число сроков. Другие этого не сделали.
Федеральный закон 1999 г. ввел ограничение: одно и то же лицо может занимать пост высшего должностного лица субъекта федерации не более двух сроков подряд. Введение этой нормы привело к значительным трениям между центром и региональными лидерами. Развитие персонифицированных моноцентрических режимов в регионах требовало сохранения у власти конкретных фигур, которые лоббировали изменение или отмену этой нормы. Их формальные аргументы сводились к тому, что федеральный закон появился только в 1999 г. и к тому, что региональное законодательство в ряде случаев не предполагало таких ограничений.
В результате на протяжении ряда лет в федеральное законодательство пытались ввести нормы, позволяющие некоторым губернаторам претендовать на третий срок (который юридически считался бы вторым сроком). Для этого была изобретена норма отсчета сроков, привязанная к моменту принятия федерального закона в октябре 1999 г. и зависящая от условий регионального законодательства.
Один из вариантов предполагал, что первым считается тот срок, на котором губернаторы находились в момент принятия федерального закона. Другой "обнулял" все сроки, считая первым тот, на который губернатор избирается после октября 1999 г. В различных вариантах поправок также предполагалось отсутствие ограничений в региональном законодательстве (иначе получалось, что губернатор изначально имел ограничения по срокам по региональному закону, а федеральный закон снимает для него эти ограничения, не засчитывая прежние сроки). Длительная лоббистская борьба закончилась в 2003 г. с принятием поправок к федеральному закону, установивших в числе прочего и норму "третьего срока".
Закон исходил из самого щадящего правила — "нулевого срока": первым считается тот срок, на который региональный руководитель избирался после октября 1999 г. Однако это правило автоматически действует только для тех (нечастых) случаев, когда региональное законодательство в октябре 1999 г. не содержало ограничений по числу сроков. В остальных случаях решение об отсчете сроков принимает регион, а точнее — законодательное собрание, вносящее поправки в региональные конституции и уставы. Региональные депутаты вправе использовать правило "нулевого срока", но могут продолжить исчисление сроков на основании своего прежнего законодательства.
В сложившейся ситуации конкретные региональные руководители получили право на третий, а в некоторых случаях и четвертый срок7. Однако реализация этого права зависит от отношений с законодательным собранием, которое может и не принять соответствующую поправку в региональное законодательство. В большинстве случаев региональные ограничения по количеству сроков были сняты, что позволило губернаторам претендовать на новые сроки. Однако были ситуации, когда законодатели сохранили все как есть, фактически отказав губернаторам в праве на третий срок (случаи В. Яковлева в Санкт-Петербурге, В. Сергеенкова в Кировской области).
После перехода к "мягкому назначению" губернаторов ограничения по количеству сроков потеряли смысл. Фактически право определять, на сколько сроков назначать ту или иную персону, стал президент страны. В ряде случаев это позволило назначить некоторых региональных руководителей на третий или четвертый сроки. Более того, в 2005 г. был назначен губернатором глава Костромской области В. Шер-шунов, который по ранее действовавшему региональному законодательству не мог баллотироваться на третий срок, если бы в области прошли выборы. Таким образом, практика применения этой нормы во многих случаях способствовала дальнейшему продлению губернаторской карьеры отдельными региональными лидерами.