Метод Сэнгера. Реактивом в реакции Сэнгера является динитрофторбензол (ДНФБ).
Метод Эдмана. Реагентом, взаимодействующим с белком, является фенилизотиоцианат (ФИТЦ). ФИТЦ отрывает концевую N-аминокислоту от полипептидной цепи.
Аминопептидазный метод. Для отщепления N-концевых аминокислот используется аминопептидаза.
Дансильный метод. Аминогруппы белков и пептидов при щелочных значениях рН взаимодействуют с флоуресцентным красителем диметиламинонафталенсульфонилхлоридом. После окончания реакции дансилирования модифицированный белок или пептид подвергают кислотному гидролизу.