Особое место среди всех приказов занимал Приказ тайных дел (образован в 1654 году). Он был своеобразным ведомством государственной безопасности, надзирал за деятельностью всех других приказов, выполнял особые царские поручения.
Централизованное приказное управление, безусловно, явилось огромным шагом вперед в деле укрепления государственного аппарата. Но следует отметить, что приказы были бюрократическими учреждениями, в них процветала волокита, взяточничество. Серьезным недостатком было также нечеткое разделение функций приказов.
Реформа местного управления.Во время правления Ивана Грозного в стране была проведена реформа местного управления. Для сословно-представительной монархии характерно не только наличие Земских соборов, органов сословного представительства в центре, но и широкое развитие местного самоуправления. На местах произошла передача управления из рук наместников и волостелей в руки дворянства и посадских людей. Существовавшая ранее система кормления была постепенно отменена и заменена органами губного и земского самоуправления.
Еще в конце XV века в ответ на жалобы дворянства, что наместники не справляются с «лихими людьми», на местах начали создавать губные избы. Это были первоначально карательные органы, которые занимались борьбой с разбойниками, убийцами, ведали сыском беглых крестьян. Позднее на них были возложены и управленческие функции: сбор податей, перепись населения, контроль за питейными заведениями. В первое время губные избы действовали параллельно с органами кормления. Система кормления была отменена в1556 году. Губные избы занимались теперь всеми делами местного управления. Термин «губа» не имеет четкого объяснения. Он понимается как округ, определенная административная единица, в которой создана губная изба.
Во главе губных изб стояли губные старосты, избираемые из дворян. Губные грамоты, которые составлялись от имени царя, требовали, чтобы губные старосты были «прожиточными», т.е. состоятельными, и были бы «грамоте горазды», т.е. грамотными. Это требование содержится также и в статьях Соборного Уложения 1649 года. Губные старосты избирались из дворян. Их помощники – целовальники – избирались из посадских людей.
При губной избе был дьяк, он ведал делопроизводством. В подчинении губного старосты были десятские и другие «лутчие люди», избираемые населением данного округа или губы.
Контроль за губными избами осуществлял Разбойный приказ.
Кроме губной реформы в середине XVI века была проведена земская реформа. Согласно этой реформе были созданы земские избы – органы земского самоуправления. Они выбирались из среды посадского населения и зажиточных слоев черносошного крестьянства. Их компетенция распространялась только на посадских и черносошных крестьян, бояре и дворяне не были в их компетенции. Первоначально земские избы занимались в основном финансовыми вопросами. Позже в их компетенцию вошли и другие вопросы управления (контроль за промыслами, торговлей, исполнение полицейских функций).