Синтез наиболее важных глицерофосфолипидов локализован главным образом в эндоплазматической сети клетки. Сначала фосфатидная кислота в результате обратимой реакции с (ЦТФ) превращается в (ЦДФ-диглицерид):
Затем ЦТФ вытесняется из молекулы ЦДФ-диглицерида одним из двух соединений - серином или инозитом, образуя фосфатидилсерин или фосфатидилинозит, или 3-фосфатидил-глицерол-1-фосфат.
В свою очередь фосфатидилсерин может декарбоксилироваться с образованием фосфатидилэтаноламина:
Фосфатидилэтаноламин является предшественником фосфатидилхолина. В результате последовательного переноса трех метильных групп от трех молекул S-аденозилметионина (донора метальных групп) к аминогруппе остатка этаноламина образуется фосфатидилхолин: