Каждый тип структуры имеет свои плюсы и минусы. Матричная структура является компромиссной, ее разновидности можно наиболее часто встретить в компаниях, бизнес которых связан с ведением проектов. Зачастую в одной компании можно встретить несколько структур в зависимости от масштаба и других особенностей конкретного проекта. Однако можно дать ряд рекомендаций по выбору организационной структуры.
| Критерий выбора | Функциональная | Матричная | Проектная |
| Уровень неопределенности | Низкий | Средний | Высокий |
| Технология | Типовая | Сложная | Инновационная |
| Комплексность | Низкая | Средняя | Высокая |
| Продолжительность | Малая | Средняя | Большая |
| Значение для компании | Малое | Среднее | Ключевое |
| Уровень взаимосвязей между частями проекта | Низкий | Средний | Высокий |
| Важность фактора времени (наличие критических сроков) | Низкая | Средняя | Высокая |
| Зависимость от вышестоящей организации | Высокая | Средняя | Низкая |
Критерии выбора организационной структуры проекта