Доходы бюджета Федерального фонда обязательного медицинского страхования преимущественно обеспечиваются поступлениями страховых взносов на обязательное медицинское страхование в соответствии с Федеральным законом от 24 июля 2009 г. № 212-ФЗ «О страховых взносов в Пенсионный фонд Российской Федерации, Фонд социального страхования Российской Федерации, Федеральный фонд обязательного медицинского страхования» и Федеральным законом от 30 ноября 2011 г. № 354-ФЗ «О размере и порядке расчета тарифа страхового взноса на обязательное медицинское страхование неработающего населения».
Межбюджетные трансферты из федерального бюджета бюджету Федерального фонда обязательного медицинского страхования в период 2014-2016 гг. будут направляться на компенсацию выпадающих доходов в связи с пониженными тарифами страховых взносов для отдельных категорий плательщиков, большинство из которых в 2015 году должны перейти на уплату страховых взносов по полному тарифу – 5,1%.
Расходы Федерального фонда обязательного медицинского страхования предусмотрены преимущественно на обеспечение расходных обязательств субъектов Российской Федерации, возникающих при осуществлении переданных полномочий по организации обязательного медицинского страхования на территориях субъектов Российской Федерации. На указанные цели из бюджета Федерального фонда обязательного медицинского страхования будут направлены субвенции в бюджеты территориальных фондов обязательного медицинского страхования, общий объем которых определяется в соответствии с нормами Федерального закона от 29 ноября 2010 г. № 326-ФЗ «Об обязательном медицинском страховании в Российской Федерации».