Понятие о РНК-ДНК дуплексе

ДНК обычно присутствует в клетке в В-форме Кроме того, описаны еще две возможные формы состояния ДНК – А и Z Эти формы представлены на рис.

Рис. Возможные формы ДНК

Взаимодействие оснований в В-форме представлено на рис…..

Рис. Взаимное расположение нуклеотидов в ДНК в В-форме

У А-формы плоскости оснований составляют угол в 20 градусов (0) с перпендикуляром к оси спирали, расстояние между парами оснований уменьшается до 0.29 нм (0.34), число пар на виток увеличивается до 11-12 (10)

Пары оснований в А-форме очень сильно отодвинуты от оси спирали к периферии молекулы - почти на половину радиуса; сдвиг достигает 4—5 Å, а в В-форме ДНК он близок к нулю.

При образовании праймера (подробнее сам процесс его синтеза будет представлен при описании ДНК-полимеразы α эукариот) образуется ДНК-РНК дуплекс, который существует в А-форме.

Таким образом, в А-форме дуплекса обеспечивается оптимальный баланс между гидрофобными и комплементарными взаимодействиями оснований матрицы и праймера.