Применение рестриктаз класса II

1. Рестрикционное картирование – метод, используемый для анализа структуры ДНК и составления хромосомных карт. На рестрикционной карте отмечено относительное расположение участков (сайтов рестрикции), которые вырезают различные нуклеазы. С помощью других методов можно сопоставить эту карту с генетической картой. В данном случае применяют технологию электрофореза, с помощью которой разделяют ДНК на фрагменты и определяют их относительный размер.

Пример: Предположим, мы выделили ДНК вируса длиной в четыре килобазы (kb) и порезали ее ферментом ЕсоRI на фрагменты. Пропустив их через гель, мы определили их длину: 0,4; 0,8; 1,3 и 1,5 kb. Это значит, что в геноме находится четыре участка рестрикции EcoRl, которые могут располагаться по-разному.

Порежем вирусную ДНК снова при помощи EcoRI, но на этот раз уменьшим время обработки ДНК ферментом, чтобы некоторые ДНК были порезаны не полностью. Наряду с прежними четырьмя фрагментами получаем новые фрагменты длиной 1,7; 1,9; 2,1 и 2,3 kb. Небольшой перебор вариантов показывает, что эти фрагменты располагаются в следующем порядке: 1,5 0,4 1,3 0,8. Если полученных данных недостаточно для определения взаимного расположения участков, то можно еще раз порезать фрагменты одним ферментом, а затем другим. После этого можно применить третий фермент и определить расположение его участков рестрикции относительно первых двух.

2. Создание рекДНК: Если два разных образца ДНК обрабатывают одной и той же рестриктазой, с образованием фрагментов с липкими концами, а затем смешивают эти образцы, то благодаря комплементарному спариванию липких концов фрагментов разных образцов, могут образоваться новые комбинации генов – рекомбинантные ДНК.