Молекулы амилопектина в отличие от молекул амилозы сильно разветвлены (рис. 5).
Подавляющее большинство глюкозных остатков в амилопектине связаны, как в амилозе, α-1,4-гликозидными связями. Однако в точках разветвлений цепи имеются α-1,6-гликозидные связи.
Рис. 5. Разветвленное строение молекулы амилопектина
Число глюкозных остатков в молекулах амилопектина значительно выше, относительная молекулярная масса колеблется от 100 тысяч до 1 миллиона.
Молекулы амилопектина также довольно компактны, так как имеют сферическую форму.