Инфекционно-воспалительный процесс в почке при вторичном ХП долго может быть односторонним, при первичном - двусторонний. Он имеет очаговый характер и отличается полиморфизмом. Участки воспалительной инфильтрации интерстициальной ткани, атрофии и склероза чередуются с относительно нормальной почечной тканью. При ХП поражены все структуры почек: интерстициальная ткань, канальцы, сосуды, клубочки, чашечки и лоханки, последние - у всех больных ВХП. По мере прогрессирования ХП поражение теряет очаговость и охватывает всю почку.
Функциональная способность клубочков при ХП длительное время сохранена. С развитием склероза интерстициальной ткани, атрофии канальцев и замещением их рубцовой тканью вокруг клубочков формируются воспалительные инфильтраты, которые затем преобразуются в перигломерулярный склероз. Он ведет к снижению функции клубочка. Паренхима пиелонефритической сморщенной почки истончена.
При ВХП лоханка пораженной почки расширена. Стенки лоханки и чашечек утолщены. На стадии нефросклероза происходит склероз лоханок и окружающей их клетчатки.