Большой вред консервному производству могут принести термофильные микроорганизмы - бациллы и клостридии. Действуют при t = 50-60°C. Они обладают термоустойчивыми спорами и выдерживают самые высокие режимы стерилизации. Сильно обсемененными могут быть овощи, особенно картофель, зеленый горошек, сахар, мука, молоко, различные специи. Иногда сырье содержит до 10 тысяч спор на 1 г продукта. Если обсемененность 1 г продукта до стерилизации такова, то готовая продукция может содержать от 10 до 100% нестерильных банок.
Среди термофилов, как и среди мезофилов, встречаются аэробы, облигатные анаэробы и факультативные анаэробы. Аэробные - Вас. Aerothermophilus. Факультативно-анаэробные - Вас. coaguians, Вас. stearothermophilus. Облигатные анаэробы - Cl. thermosaccharolyticum. Термофилы могут вызывать три вида порчи: плоскокислую, сероводородную и бомбаж. Плоскокислая порча характеризуется прокисанием продукта, но без внешнего изменения банки. Разжижение, расслоение продукта вызывают Вас. coaguians, Вас. stearothermophilus. Все они образуют (из углеводов) кислоты: молочную, уксусную, иногда муравьиную без видимого газообразования. Хорошо развиваются в зеленом горошке, сахарной кукурузе и многих видах пюреобразных консервов, содержимое которых подкисляется до рН 4,0-4,5 (нач. рН 6,0-6,2).
Bac.coagulans были выделены различными исследователями из консервов "Пюре из моркови", "Пюре из шпината", "Суп-пюре томатный" и других консервов для детского и диетического питания.
Сероводородная порча: возбудитель ее - Clostridium nigrificans. Продукт чернеет, так как идет разложение цистеина с образованием H2S, который дает с железом продукта или банки черное окрашивание.
Бомбаж. Его возбудитель - термофил Cl. thermosaccharolyticum. Выделяет С02, Н2, кислоты уксусную, масляную, белки не разлагает.
В пастеризованных консервах -компотах, соках могут сохраняться молочнокислые бациллы - лейконосток (вызывает слизистые комки, тягучесть).
В рыбных консервах в масле и плохо прогреваемых полуконсервах (ветчина в банках) могут сохраняться стафилококки. На органолептику они не влияют, но могут стать причиной пищевых отравлений (стафилококковый энтеротоксин).
Кроме остаточной микрофлоры, в консервах может присутствовать и вызывать порчу так называемая "вторичная микрофлора", попадающая в банки после стерилизации, в результате их негерметичности, чаще всего с оборотной водой при охлаждении банок в автоклавах. Видовой состав вторичной микрофлоры самый разнообразный. Присутствие неспорообразующих видов в консервах свидетельствует, как правило, о негерметичности банок. (Иногда выявление подобных видов свидетельствует о неквалифицированном микробиологическом анализе).