Протоки отсутствуют или замещены фиброзными тяжами. Локализация и протяжённость участка атрезии различны. Во внепеченочных жёлчных путях и жёлчном пузыре жёлчь отсутствует.
Возможно изолированное вовлечение пузырного протока; при этом жёлчный пузырь представляет собой кисту со слизью; клинического значения это поражение не имеет. При вовлечении общего жёлчного или печёночного протока возникает характерный синдром атрезии жёлчных путей с тяжёлой холестатической желтухой.
При биопсии печени выявляют признаки холестаза с различным количеством гигантских клеток; отчетливо определяются пролиферирующие жёлчные протоки с фиброзированием по билиарному типу. Количество междольковых протоков уменьшено. Картина по существу является диагностической.