Иногда желательно, чтобы чужДНК находилась в составе клеточной хромосомы. Например, если клетки (скажем, Pseudomonas или Rhizobium) предназначены для использования в природных условиях, то интеграция клонируемого гена в хромосому позволяет предотвратить опасность его "утечки" в другие виды бактерий. Или, допустим, изучается регуляция клонируемого гена. Тогда важно, чтобы он стабильно поддерживался в клетке в единственном числе. В таких случаях в качестве переносчика генов применяют модифицированные транспозоны, которые в свою очередь переносятся в клетки подходящими плазмидами или фагами. Векторам, которые переносят транспозоны, придают способность к "самоубийству", т.е. после цикла клеточного деления эти векторы элиминируются. Известно довольно много способов "самоубийства": термочувствительный характер репликации, включение гена-киллера (например, ген kil у фага λ) и т.д. У векторов-транспозонов удаляют гены транспозаз, лишая их тем самым способности к самостоятельным перемещениям. На их место вставляется чужДНК. Сами гены транспозаз внедряют в векторы-носители транспозонов; именно с их помощью транспозоны переносятся в клеточный геном. После "самоубийства" векторов-носителей рекомбинантный транспозон остается локализованным в определенной точке клеточного генома.