Неоинституциональная теория изучает в качестве реально действующих участников социального процесса не группы или организации, а отдельных индивидов. Таким образом, отношения между индивидами, складывающиеся внутри организаций (фирм или государств), являются определяющим фактором для объяснения существования различных организационных структур и объектов изучения неоинституциональной теории, тогда как в неоклассической теории фирма рассматривалась как «черный ящик», внутрь которого она не заглядывала. Вопросы появления фирмы также оставались в стороне неоклассиков, в то время как целью многих работ новой институциональной школы, в том числе и Р. Коуза, «было объяснение существования фирмы и поиск причин, предопределяющих масштабы ее деятельности».
Необходимо отметить, что методологический индивидуализм накладывает достаточно серьезные ограничения на анализ целого ряда процессов. Так, довольно проблематичным становится исследование, полностью опирающееся на органическое представление о государстве как едином, согласованно функционирующем, неделимом организме; затруднительным представляется использование подходов, основанных на максимизации целевой функции государства, своеобразной «функции общественного блага», не являющейся агрегатом функций индивидов. С другой стороны, такая посылка делает выводы, получаемые в результате исследования, более ценными с прикладной точки зрения, поскольку они опираются на реальные данные.