Ферменты все больше завоевывают признание как лекарственные препараты в лечении многих заболеваний. Их используют, прежде всего, при нарушении синтеза ферментов в организме (заместительная терапия), для растворения сгустков крови при тромбозах, при лечении воспалительных процессов и т.д. Не меньшей популярностью пользуются и ингибиторы ферментов, например, при лечении панкреатитов используют ингибиторы протеолитических ферментов.
Большой интерес представляет использование в лечебной практике иммобилизованных ферментов (от лат immobilis- неподвижный). Фермент ковалентно "пришивают" к нерастворимому в воде носителю. Такие ферменты можно использовать в лабораторной практике как реагенты для анализа. При этом в отличие от растворимых форм такие ферменты можно многократно использовать. В промышленности такие ферменты вводятся в технологические процессы получения многих соединений. Такие формы ферментов удобны в лечении поражений кожи (марлевые повязки с иммобилизованными ферментами при лечении ожогов, кожных болезней).