На рубеже XIX и XX вв. были завоеваны остававшиеся независимыми районы Индонезии на Суматре, Новой Гвинее и др.
На севере Суматры некогда сильный султанат Аче оказался к 70-м годам XIX в. в состоянии упадка. Вместе с сокращением торговли и потерей многих вассальных территорий, которые были захвачены голландцами, власть султана ослабла. Наследственные правители округов, вожди племен и мусульманское духовенство усиливались и отказывались подчиняться центральной власти. Это создавало благоприятные условия для голландской колониальной агрессии. Однако навязанное Англией в свое время (в 1824 г.) Голландии соглашение предусматривало сохранение независимости Аче.
К последней трети XIX в. позиция Англии изменилась. Индонезия стала привлекать к себе внимание других европейских держав и США, возникла опасность захвата Аче соперниками и конкурентами Англии. По этим причинам Англия оказалась уже заинтересованной, чтобы здесь, на пороге ее владений в Малайе и Бирме, господствовала слабая в военном отношении и все более втягивавшаяся в фарватер английской политики Голландия. По инициативе Англии были начаты переговоры, завершившиеся в 1870 г. подписанием Суматранского трактата. Прежние возражения против экспансии Голландии в Аче были сняты, а подданным Англии были предоставлены равные с голландцами возможности участия в торговле и предпринимательской деятельности на Суматре.
Заручившись английской поддержкой, Голландия приступила к подчинению султаната. Она рассчитывала добиться этого без войны. Однако попытка заставить Аче признать голландский суверенитет встретила отпор. В наивных поисках защиты от непосредственной голландской угрозы правящая феодальная верхушка Аче готова была пойти на принятие протектората какой-либо другой державы, в частности Турции, Италии, США. Американский консул в Сингапуре, рассчитывая использовать благоприятную обстановку, предложил султану Аче заключить соответствующий договор.
Это ускорило развязывание захватнической войны против Аче. Начавшаяся в 1873 г. ачехская война была длительной и кровопролитной. Более 30 лет голландские войска подчиняли княжество.
После захвата столицы и официального объявления о присоединении Аче (в 1874 г.) развернулось героическое народное сопротивление. В ходе войны выдвинулся ряд талантливых индонезийских военачальников, из которых особой славой пользовался Теуку Умар.
Жестокости колонизаторов, беспощадно расправлявшихся с солдатами и партизанами и терроризировавших население оккупированных районов, долго не приносили успеха. Постепенно голландцы стали различными способами привлекать на свою сторону феодальные элементы и верхушку духовенства. Им были обещаны различные. Привилегии, сохранение возможности эксплуатировать своих соплеменников.
К 1904 г. голландское господство было признано феодально-племенной верхушкой. Но на восточном побережье Суматры сопротивление продолжалось до 1909—1910 гг., а отдельные партизанские отряды вели бои до 1913 г.
В годы ачехской войны голландцы насильственным путем подчинили себе и ряд территорий на других островах, население которых не о силах было оказать такого упорного сопротивления, как ачехцы.
На востоке Индонезии в конце XIX в. развернулась борьба за крупнейший остров Новую Гвинею. Голландия успела подчинить себе его западную часть (Западный Ириан). Папуасское население восточной половины было еще полностью независимо. На северо-восточные районы Новой Гвинеи и на прилегающие острова распространилась экспансия Германии. Это вызвало обострение противоречий между Германией, Голландией и Англией. В результате длительных споров было достигнуто соглашение о разделе Новой Гвинеи. Западная ее часть была закреплена за Голландией, северо-восточная превратилась в германскую колонию, юго-восточная отошла к Англии.
Голландские империалисты, опасаясь захвата своих колониальных владений более мощными империалистическими державами, вынуждены были допустить монополистический капитал других стран к участию в эксплуатации индонезийского народа. Своеобразная политика «открытых дверей» превратила Индонезию в поле деятельности нескольких империалистических держав. Несмотря на обострение в империалистическую эпоху противоречий между крупнейшими державами, они все были заинтересованы в сохранении здесь голландского колониального господства и готовы были поддержать Голландию в подавлении справедливой освободительной борьбы индонезийского народа.