Санитарно-микробиологическое исследование пищевых продуктов проводится в плановом порядке или по эпидемическим и эпизоотологическим показаниям. В плановом порядке проводятся исследования на:
1) общее микробное обсеменение;
2) обнаружение санитарно-показательных бактерий, например, БГКП и энтерококков, а также иногда обнаружение патогенных микроорганизмов
По эпидемическим показаниям исследования проводятся на обнаружение патогенных микроорганизмов - возбудителей пищевых отравлении микробной этиология.