Старая система управления страной была неспособна осуществить поставленные задачи. Поэтому в 1699 г. на смену Боярской думе пришла Ближняя канцелярия, с 1708 г. называвшаяся «консилией министров». Она стала прообразом Правительствующего ceната - высшего правительственного учреждения, созданного в 1711 г. Сенат обладал судебной, административной, а в некоторых случаях и законодательной властью. В состав Сената входили девять сенаторов, назначенных Петром 1.
В 1718 - 1720 гг. 40 приказов были заменены 11 коллегиями, чьи обязанности были четко разделены. Важнейшими из коллегий были Иностранная, Военная и Адмиралтейская. Финансами страны заведовали сразу три коллегии: Камер-коллегия (сбор налогов), Штатс-коллегия (расход средств), Ревизион-коллегия (контроль за поступлением средств и их расходованием). Берг-коллегия ведала черной и цветной металлургией, Мануфактур-коллегия - легкой промышленностью, Коммерц-коллегия - торговлей. В 1721 г. была создана Вотчинная коллегия, заведовавшая дворянским землевладением. Юстиц-коллегия руководила деятельностью местных судебных учреждений.
На правах коллегии существовали еще два учреждения: Синод (высший орган по управлению церковными делами) и Преображенский приказ (расследование политических преступлений).
В 1699 г. для управления городским сословием была создана Бурмистерская палата, в 1700 г. переименованная в ратушу. В 1720 г. ратушу сменил Главный магистрат. Он стоял во главе городовых магистратов, созданных взамен земских изб.
Указом 1711 г. была введена должность фискалов. Фискалы тайно следили и доносили о всех нарушениях закона, злоупотреблениях, воровстве и т. д. Фискалы принимали доносы. Многие фискалы, пользуясь весьма широкими полномочиями и не чувствуя ответственности, были не прочь поживиться за государственный счет. В январе 1722 г. был подписан указ о создании прокуратуры. Прокуратура стояла над Сенатом и всеми другими государственными учреждениями. Система прокуратуры возглавлялась генерал-прокурором. Первым генерал-прокурором стал П. И.Ягужинский, известный своей неподкупностью. Прокуроры находились при всех коллегиях и надворных судах. Они вели надзор за действиями и решениями Сената, а также других центральных и местных учреждений.
В 1708-1710 гг. была проведена первая областная реформа. Страну разделили на губернии и провинции. Всего было образовано восемь губерний: Московская, Ингерманландская, Смоленская, Киевская, Азовская, Казанская, Архангелогородская и Сибирская. Во главе их стояли губернаторы, обладавшие в своих владениях неограниченной властью. Губернии делились на провинции, а провинции - на уезды. В результате проведения областной реформы резко возросло количество чиновников на местах. После второй областной реформы всесильные прежде губернаторы лишились значительной части своей власти.
В 1722 г. Петром была yчереждена Табель о рангах. Все чиновники, офицеры и придворные делились на 14 классов. После производства в 14- й класс лица недворянского происхождения получали личное, а после 8 (для военных - 14) - потомственное дворянство.
Изменения затронули и церковь. После смерти патриарха в 1700 г. царь решил не назначать нового патриарха. В дальнейшем государство постепенно накладывало на церковь разные ограничения. С 1721 г. для управления церковью была учреждена Духовная комиссия вскоре преобразованная в Синод. Президентом Синода стал местоблюститель патриаршего престола Стефан Яворский. Реальным же руководителем Синода являлся его вице-президент Феофан Прокопович - правая рука царя в церковных делах. Феофан Прокопович участвовал в сочинении многих указов Петра. Он сочинил Духовный регламент, по которому члены Святейшего синода были приравнены к чиновникам светских коллегий. Они, как и все чиновники, назначались царем, приносили присягу на верность государю.