И Новое время происходит окончательное размежевание философии и науки, с одной стороны, и богословия - с другой. Наука и философия рассматриваются как нечто единое, поскольку в то время господствовало представление, что опора на фундаментальные онтологические основания, на натурфилософию является необходимым условием исследования частных явлений. Тенденция отождествлении философии и науки сохранялась вплоть до конца XIX – начала
XX веков. Уже в средневековой схоластике утвердилось представление о двух видах истины, соответствующих двум ориентациям познания: истина разума и истина откровения. Авторитет Священного Писания непререкаем в делах веры. Что же касается науки (и, значит, философии), то она должна быть автономной, освобожденной от всякого рода предрассудков и доверять только голосу Природы, которая открывается человеку в экспериментах. Бэкон писал: «Только ту философию назову истинной, которая вернее всего передает голос самого мира и написана как бы под диктовку мира» (Соч. в 2 т. М., 1977—78.Т. 1.С. 110). Поэтому философия должна зависеть только от разума. Он отвергал любую примесь теологических объяснений фактов. Но главная заслуга Бэкона состоит в том, что он нанес сокрушительный удар по схоластике, опорой которой была, в частности, аристотелевская логика. Это не значит, что Бэкон отрицательно относится к религии, но считает возможным подвергнуть веру испытанию разумом. Он излагает положения, которые разум мог бы выдвинуть против веры, и заключает: «Триумф веры тем больше, что несмотря на все это, мы верим в нее». Он утверждал, что торжество веры особенно велико тогда, когда беспомощному разуму догма кажется наиболее нелепой: «... наук, опирающихся скорее на фантазию и веру, чем на разум и доказательства, насчитывается три: это — астрология, естественная магия и алхимия» (Там же).
Так же, как и Бэкон, Декарт различает научные знания и религиозные представления. Есть вещи, которые могут быть предметом одной только веры (например, таинство воплощения Христа, Троица и т. п.); есть вещи, которые хотя и подлежат вере, тем не менее могут быть исследованы естественным разумом (например, бытие божие, различие между человеческой душой и телом), и есть такие вещи, которые никоим образом не могут быть предметом веры, а всецело подлежат исследованию с помощью человеческого разумения. Обособление науки от теологии было освобождением науки от религиозной догматики, которая запрещала обнародование открытий, явно противоречащих религии. Авторитет религии уступает место авторитету опыта, аргумента, практики.