Калицивирусную инфекцию следует дифференцировать с ОКИ бактериальной (холерой, эшерихиозами, иерсиниозом, сальмонеллезом, кампилобактериозом), вирусной этиологии (ротавирусной, аденовирусной, энтеровирусной и другими инфекциями), с паразитарными диареями (лямблиозом, криптоспоридиозом). При наличии выраженного болевого абдоминального синдрома и повторных рвотах исключают острую хирургическую патологию органов брюшной полости, а также ацетонемические рвоты, кетоацидоз.