Летом 1606года на юго-западе России начались движения казаков, крестьян и холопов. Во главе одного из восставших отрядов встал Иван Исаевич Болотников. Он попал в Россию вновь через армию Лжедмитрия 1. Когда самозванца убили, то он не признавал власти Василия Шуйского и поднял казачий мятеж. Под начало Болотникова стали собираться восставшие против властей отряды посадских людей, беглых крестьян и т.д.
Болотников рассылал «листы» с призывом расправиться со слугами «самозваного» царя Шуйского. Волнения охватили весь бассейн реки Оки.
В октябре 1606 года повстанцы подошли к Москве и началась двухмесячная осада столицы. Кульминация восстания свершилась, когда восстание охватило 70 городов и перекинулось даже на среднее Поволжье. Но Шуйский смог мобилизовать большую армию повстанцев, а священники агитировали против бунтовщиков, и рязанские дворяне изменили Болотникову. В начале декабря царская армия разгромила повстанцев. Остатки вместе с Болотниковым отступили к Калуге. Там они зимой держали оборону.
Весной 1607 года повстанцы сумели вырваться из Калуги и перешли в сильную крепость Тулу. Здесь к Болотникову присоединился отряд Илейки Муромца. Василий Шуйский сам возглавил большое войско и в мае вышел в Тулу. После четырёхмесячной осады, поверив обещаниям о помиловании царя, повстанцы открыли ворота крепости. Последовала суровая расправа, вожаки были казнены.
После разгрома Болотникова народные выступления не прекращались вплоть до 1615 года - то усиливаясь, то затухая.
И вообще историки сделали такую шкалу, что, мол, восстание Хлопка 1603 года – это начало волнений, восстание Болотникова – это апогей войны, а восстания 1607-1615 гг – это завершение.