В управлении скоростями молекулярных процессов использованы некоторые стандартные решения. Как правило, скорость и ход процесса регулирует, так или иначе, некоторая концентрация или воздействие на нее (например, энергетический обмен регулируется через концентрацию АТФ, как описано выше).
Молекула регулятора (c) может связаться с функциональной молекулой (обычно – белком, обозначим ее E), а от этого зависит ее активность. В предельном случае функциональная молекула активна в одном случае (например, при наличии связавшейся с ней молекулы регулятора, т.е в форме E c) и неактивна в противоположном случае (т.е. в форме E).
Механизм, который обеспечивает такой результат – изменение пространственной структуры белка. Например, при связывании с регулятором становится возможной посадка реагирующих частиц в активный центр (в противном случае он недоступен для какой-то из взаимодействующих молекул).