В случае авторегрессии, ковариационная матрица имеет следующий вид:
здесь
Матрица существенно отличается от диагональной матрицы, типичной для классической модели регрессии.
Для того, чтобы в этом случае можно было бы провести оценку по методу Эйткена, необходима матрица . Все элементы мерной матрицы либо известны, либо легко вычисляемы, если известно значение . Однако в эмпирических исследованиях всегда неизвестно и должно быть статистически оценено.