Задачей контроллинга при формировании структуры бизнеса является обеспечение эффективности организационной структуры предприятия, ориентированной на достижение основной цели – получение прибыли. Процесс построения структуры бизнеса контроллинга можно рассматривать как долгосрочные так и среднесрочные перспективы, это постоянный процесс адаптации деятельности предприятия под изменяющиеся условия. На основе анализа внешних и внутренних условиях предприятиях вырабатывает рекомендации по оптимальной структуре бизнеса, что подразумевают выбор направлений деятельности наиболее полно отвечающий возможностям предприятия, формирование адекватной организационной структуры подразумевающий закрепление за каждым структурным подразделением определенный бизнес процесс.