Входящие, исходящие и внутренние документы регистрируются отдельно с самостоятельными регистрационными номерами.
Регистрационный номер (индекс) документа — цифровое или буквенно-цифровое обозначение, присваиваемое документу при его регистрации.
Существуют три формы регистрации документов:
§ журнальная;
§ карточная;
§ автоматизированная.
Журнальная форма. Журнальная система применяется обычно тогда, когда учет документов выступает на первый план, в журналах обычно регистрируются наиболее ценные документы, например паспорта, трудовые книжки, документы об образовании. Банки ведут журналы учета договоров о депозитном вкладе, счетов фирмы и т.д. Журнальная система регистрации используется в работе с документами ограниченного доступа: секретными, конфиденциальными. Для каждой категории документов обычно разрабатывается своя форма журнала с разной степенью дробности сведений о документе.
Так, журнал учета конфиденциальных документов имеет следующие графы:

Журнальная система регистрации была удобна в организациях до тех пор, пока они получали незначительное количество документов. При большом объеме документооборота журнальная система имеет ряд существенных недостатков. Так как регистрация в журнале ведется в последовательности поступления документов, ее одновременно может вести только один человек. При большом количестве полученных документов процесс регистрации занимает много времени и задерживает дальнейшую работу с документами. Кроме того, журнальная система регистрации часто приводит к повторной регистрации документов в других структурных подразделениях, куда документ передается. Но самый главный недостаток журнальной системы регистрации — это невозможность организовать контроль за сроками исполнения документов и оперативно вести информационно-справочную работу по документам.
Карточная форма. Карточная система регистрации позволяет преодолеть эти недостатки, так как карточки можно располагать в картотеках в любой последовательности, да и регистрировать документы могут несколько человек одновременно, создавая под копирку нужное количество экземпляров регистрационной карточки. Форма регистрационной карточки может быть определена самим учреждением и записывается в инструкции по делопроизводству.
Автоматизированная форма. Однако наиболее рациональной на сегодняшний день является автоматизированная система регистрации документов на компьютере. Она позволяет, ведя регистрацию на различных рабочих местах, объединить все сведения о документах в единую базу данных, на основе которой можно организовать централизованную информационно-справочную работу и контроль за исполнением документов.