Святейший Патриарх Алексий II взошёл на первосвятительский престол в период, когда кризис Советского государства вступил в завершающую фазу. Для Русской Православной Церкви важно было в быстро изменяющихся условиях вернуть себе необходимый правовой статус. С самых первых шагов первосвятительского служения Предстоятель в контактах с руководством страны сумел оградить и подчеркнуть достоинство Русской Православной церкви.
Святейший Патриарх довёл до сведения президента СССР критическое отношение Поместного Собора к проекту нового закона «О свободе совести и религиозных организациях». Была достигнута договорённость об участии представителей Православной Церкви и других религиозных общин в дальнейшей работе над законопроектом.
В итоге, закон, принятый 1 октября 1990 года, утвердил как за отдельными приходами и церковными учреждениями, так и Патриархией в целом, права юридического лица. Исключительно важное положение нового закона содержалось в статье 6-й, которая, хотя и подтверждала принцип отделения школы от Церкви, тем не менее, открывала юридическую возможность для религиозного обучения детей. Закон сохранял Совет по делам религий, но лишал его властных полномочий по отношению к религиозным организациям, превращая, по сути, в информационно - консультативный и экспертный центр.
Спустя месяц после издания союзного закона был принят российский закон «О свободе вероисповеданий». Он уже не предусматривал правительственного учреждения, подобного Совету по делам религий. Вместо него в Верховном Совете была образована Комиссия по свободе совести и вероисповеданиям.
Положение об отделении школы от Церкви формулировалось в более деликатной форме: «Государственная система образования и воспитания носит светский характер и не преследует цели формирования того или иного отношения к религии». При этом преподавание вероучения на факультативной основе допускалось «в любых дошкольных и учебных заведениях и организациях». Преподавание «религиозно-познавательных, религиоведческих и религиозно-философских дисциплин» могло, в соответствии с законом, «входить в учебную программу государственных учебных заведений».
В 1990 году по всей стране продолжалось возвращение Церкви отнятых у неё ранее храмов, чаще всего разрушенных. Местные власти во многих случаях стали оказывать финансовую помощь в реставрационных работах. Пожертвования поступали от общественных организаций и фондов, а также от государственных и частных предприятий, банков, компаний, отдельных лиц. Посильную помощь в восстановлении храмов оказывали воинские части. 23 сентября 1990 года впервые после многих десятилетий состоялся крестный ход по московским улицам от стен Кремля к храму Большого Вознесения во главе со Святейшим Патриархом Алексием II.
Возрождение церковной жизни омрачалось действиями зарубежного Синода. 16 мая 1990 года, во время межпатриаршества, Архиерейский Собор Русской Зарубежной Церкви вынес постановление об открытии своих приходов и епископских кафедр в России. Клирики Московского Патриархата призывались переходить в юрисдикцию зарубежного Синода. В числе откликнувшихся на этот призыв был суздальский архимандрит Валентин (Русанцов, 1939-2012 гг.). Он был рукоположён во епископа архиереями Зарубежной Церкви с титулом «Суздальский и Владимирский» и назначен экзархом Архиерейского синода РПЦЗ на территории СССР.






