Органи міжгалузевої компетенції – компетенцію цих органів охоплює певний функціональний напрямок
Міжгалузевими органами є:
· Міністерство охорони навколишнього природного середовища України – міністерство, зокрема, організовує моніторинг земель, проведення державної екологічної експертизи, здійснює контрольні повноваження тощо.
· Міністерство аграрної політики України – бере участь у моніторингу та охороні земель сільськогосподарського призначення, тощо;
· Міністерство України з питань надзвичайних ситуацій та у справах захисту населення від наслідків Чорнобильської катастрофи - уповноважений "надавати в оренду земельні ділянки у зоні відчуження і зоні безумовного (обов'язкового) відселення на тих територіях, з яких відселено жителів та припинено діяльність рад" (законність чого викликає певний сумнів), здійснює реабілітацію, моніторинг земель та контроль за використанням земель; В складі міністерства діє державний департамент - Адміністрація зони відчуження і зони безумовного (обов'язкового) відселення.
· Міністерство культури і туризму України – здійснює окремі повноваження у галузі використання земель історико-культурного призначення;
· Міністерство оборони України – забезпечує використання земельних ділянок, виділених для потреб Збройних Сил;
· державні органи приватизації