Отдельные аратские выступления сливались в единый поток национально-освободительной борьбы монгольского народа против господства китайско-маньчжурских феодалов и компрадоров. Однако политическое пробуждение аратства чрезвычайно затруднялось его разобщенностью в условиях обширной страны с крайне редким населением, безраздельным господством ламаистской идеологии и преклонением перед ламами и «живыми богами». В Монголии не существовало рабочего класса, не были и монгольской буржуазии. Не удивительно, что руководство национальным движением захватили монгольские князья и высшие ламы, присоединившиеся к нему под лозунгами «феодально-теократического национализма».
В июле 1911 г. в Урге тайно от китайских властей собрались крупнейшие светские и духовные феодалы Внешней Монголии во главе с богдо-гэгэном. В совещании участвовали и представители Внутренней Монголии. Учитывая положение в стране и особенно настроения аратства и низших лам, совещание высказалось за провозглашение независимости Монголии. Его участники, надеясь на поддержку России, направили делегацию в Петербург. Монгольская делегация везла подписанное богдо-гэгэном и крупными феодалами письмо русскому царю, предлагавшее признать независимость Монголии и заключить соглашения о торговле, строительстве железных дорог, организации почтовой связи и т. п.
Царское правительство решило принять монгольскую делегацию и, как выразился высокопоставленный царский сановник, «попытаться придать этому делу желательный... характер». Однако, опасаясь международных осложнений, оно не поддержало идею полного отделения Монголии от Китая. Царское правительство ограничилось дипломатическим давлением на Пекин и получением от него официальных заверений в том, что к участникам делегации не будут применены репрессии и во Внешней Монголии не будут проводиться реформы без соглашения с правительством России. В Ургу для «охраны русского консульства» прибыли батальон пехоты и несколько казачьих сотен.
Возникший в Урге вскоре после Учанского восстания комитет князей и высших лам вызвал в город монгольское ополчение и предложил богдыханскому наместнику покинуть пределы Внешней Монголии. 1 декабря 1911 г. было опубликовано обращение к монгольскому народу, гласившее: «Наша Монголия с самого начала своего существования была отдельным государством, а потому согласно древнему праву Монголия объявляет себя независимым государством с новым правительством, с независимой от других властью в вершении своих дел. Ввиду изложенного сим объявляется, что мы, монголы, отныне не подчиняемся маньчжурским и китайским чиновникам, власть которых совершенно уничтожается, и они вследствие этого должны отправиться на родину». 16 декабря на ханский престол вступил богдо-гэгэн, получивший титул «многими возведенного».
Китайский гарнизон Урги не выступил в защиту богдыханского правительства. Вскоре цинские чиновники покинули восточные области Внешней Монголии. Но в западной ее части цинский губернатор, рассчитывавший получить военные подкрепления из Синьцзяна, отказался признать независимость Монголии. Русское правительство потребовало у Пекина не направлять новых войск в Монголию. Между тем город Кобдо — ставка губернатора — был осажден восставшими аратами, которые в начале августа 1912 г. взяли его штурмом. Население города разгромило лавки и склады китайских купцов-ростовщиков и уничтожило долговые документы.
Мощный подъем национального движения охватил и Внутреннюю Монголию. Большинство ее хошунов заявили о присоединении к независимому монгольскому государству, провозглашенному в Урге.