Б — транс-изомер (вещество желтого цвета)

Тетраэдрический комплекс [MX₂Y₂] может существовать в виде единственного изомера, так как любые две вершины тетраэдра имеют общее ребро. Однако для плоскоквадратного комплекса того же состава возможно два варианта размещения лигандов:

Образование такого типа комплексов характерно, например, для платины(II) и палладия(II). В частности, молекулярной формуле [PtCl₂(NH₃)₂] отвечают два соединения, существенно различающиеся по своим физическим и химическим свойствам.

Плоскоквадратный комплекс cis -[PtCl₂(NH₃)₂] (цисплатин) является противоопухолевым средством, использующимся для лечения опухолей мочевого пузыря и шейки матки, а также рака яичников и мужских половых желез. Однако он проявляет ряд побочных эффектов, в том числе тошнота, повреждение почек.

Другим лекарством сходного строения, отличающимся меньшим количеством побочных эффектов, является карбоплатт

Высказывается предположение о том, что активность этих соединений обусловлена возможностью замещения молекул аммиака на аминогруппы азотистых оснований с образованием устойчивых комплексов платины с ДНК, что замедляет процесс ее репликации и тем самым подавляет бесконтрольное деление клеток.

Транс-изомер [PtCl₂(NH₃)₂] практически не отличается по токсичности от соответствующего цис-изомера, но противоопухолевым действием не обладает.

С увеличением количества неодинаковых лигандов число геометрических изомеров увеличивается. При этом, чем сложнее состав молекулы, тем больше возможностей для проявления изомерии.

Для комплексных соединений существуют и другие виды изомерии, в том числе оптическая, или зеркальная, изомерия (энантиомерия). По своим физическим и химическим свойствам энантиомеры не отличаются друг от друга, за исключением реакций с другими оптически активными веществами, а также физическими свойствами в хиральной среде. Следовательно, физиологическое действие оптических антиподов может быть различным.