Генотип — совокупность генов бактериальной клетки; фенотип — совокупность всех признаков и свойств, проявляемых данной культурой. В отличие от особей высших организмов, у которых исследуются признаки и свойства каждой особи, у микроорганизмов изучаются признаки и свойства в целом всей культуры (штамма), т. е. совокупности клеток, включающих миллионы и миллиарды особей. Культуры микробов могут отличаться морфологическими, физиологическими и биохимическими признаками. К морфологическим признакам относятся окраска, размер, форма, характер края и поверхности отдельно растущих колоний и т. д.; к физиологическим и биохимическим — способность или неспособность расти при пониженной или повышенной температуре, устойчивость к антибиотикам, различным ядам, облучению, отношение к питательным средам.
Пй способу питания бактерии делятся на прототрофные и аук-сотрофные. Прототрофные могут жить на минимальной питательной среде (содержащей минеральные соли и углеводы) и необходимые им вещества способны синтезировать сами. В то же время получено много штаммов грибов и бактерий, которые в отличие от исходного штамма (так называемого дикого типа) лишены способности синтезировать одну или несколько аминокислот или другие факторы роста из более простых предшественников. Такие штаммы называют ауксотрофными. Ауксотрофный штамм можно идентифицировать по его неспособности расти и размножаться на синтетической среде, которая не содержит какого-то специфического фактора роста. Но если в синтетическую среду добавить компонент, который ауксотрофный штамм не способен самостоятельно синтезировать, то он начинает расти так, что его уже невозможно отличить от прототрофного. Таким образом, культура микроорганизма может быть изучена в отношении многих признаков.
Гены, ответственные за синтез определенного соединения, обозначают тремя строчными буквами, соответствующими начальным буквам этого соединения. Гены исходного дикого типа обозначают со знаком «+», например, his"1" — гистидиновый ген, leu"1" — лейциновый ген, aig+ — аргининовый ген и т. д. Гены чувствительности или резистентности к лекарственным препаратам, фагам и ядам обозначают буквами s (sensitive — чувствительный) и г (resistant — резистентный). Например, чувствительность к стрептомицину обозначают str5, а резистентность — strr. Фенотип бактерий обозначают теми же символами, что и генотип, но с прописной буквы. Так, генотипам his"1", leu+, arg+, strr соответствуют фенотипы His+, Leu+, Arg+, Strr. Символы His+, Leu+, Arg+ указывают на способность синтезировать гистидин, лейцин, аргинин, а символ Strr — на резистентность к стрептомицину. Альтернативные им признаки обозначают символами His~, Leir~, Arg"~, Str*.
Генотип микроорганизмов представлен совокупностью генов, обусловливающих потенциальную возможность формирования любого их признака. Но формирование признака происходит в определенных условиях окружающей среды, которые не всегда способствуют проявлению генотипа. Так, два штамма Е. coli с генотипами 1ас^ и 1ас"~ на среде с лактозой будут иметь разные фенотипы: бактерии с генотипом 1ас+ образуют колонии красного цвета, а бактерии с генотипом 1ас~ образуют бесцветные колонии, так как они не ферментируют лактозу. При выращивании этих штаммов на среде без лактозы фенотип их будет одинаковым. Патогенный генотип одного штамма бактерий можно отличить от другого непатогенного штамма только при заражении восприимчивого животного. В организме невосприимчивого животного генотип патогенного штамма не появится.
Исследования по генетике микроорганизмов показывают, что им присуща большая изменчивость. Изменения, возникающие под влиянием окружающей среды и не сохраняющиеся при переносе клеток в исходные условия, носят название модификацион-ных. Модификации не наследственны, они не затрагивают генотипа микроба и исчезают в первом или последующих поколениях. Микроорганизмам, как и всем прочим живым организмам, свойственно проявление комбинативной изменчивости, которая является наследственной. В силу того что прокариоты имеют гаплоидный набор хромосом и им несвойственно половое размножение, генетические рекомбинации у них имеют свои особенности. Рекомбинация у бактерий происходит путем переноса генетического материала из клетки донора в клетку реципиента при помощи конъюгации, трансдукции и трансформации. Эти процессы отличаются главным образом способом переноса генетического материала.