Вскоре после рождения ребенка в его влагалищном содержимом появляются аэробные лактобациллы (палочка Дедерлейна), которые обитают здесь до тех пор, пока реакция среды остается кислой (несколько недель). Затем она становится нейтральной (до полового созревания), что способствует развитию смешанной микрофлоры (кокки и бактерии). После наступления полового созревания вновь в больших количествах появляются лактобациллы, которые обеспечивают поддержание кислой среды путем образования кислоты из углеводов. Это важный механизм в предупреждении колонизации влагалища другими, условно-патогенными микроорганизмами. После наступления менопаузы количество лактобацилл вновь уменьшается, появляется смешанная микрофлора. В состав нормальной влагалищной микрофлоры, кроме палочки Дедерлейна, называемой еще влагалищной палочкой, обычно входят клостридии, анаэробные стрептококки (пепто-стрептококки), аэробные гемолитические стрептококки группы В, колиформные бактерии, иногда листерии. Влагалищные палочки представляют собой грамположительные неподвижные неспорообразующие бактерии двух форм: тонкие, заостренные на концах, и толстые с обрубленными концами; являются факультативными анаэробами, растут на сахарных и кровяных средах; проявляют сахаролитические и протеолитические свойства.
Цервикальная слизь обладает антибактериальной активностью и содержит лизоцим. У некоторых женщин во влагалищном содержимом присутствует патологическая флора, сходная по составу с микрофлорой промежности и перианальной области. Это
может способствовать возникновению рецидивирующих инфекций мочевыводящих путей. Бактерии, присутствующие во влагалищном содержимом в момент родов, могут инфицировать ребенка.
В состав микрофлоры влагалища здоровых беременных женщин входят до 20 видов аэробных и анаэробных микроорганизмов, среди которых по частоте распространения первое место занимают лактобациллы и стрептококки (54 %), бифидобактерии и пептострептококки (40 %), кандида и эубактерии (26 %), бактероиды и стафилококки (20 %) и далее по убывающей: пропиони-бактерии, актиномицеты, фузобактерии, дрожжи, коринебактерии, кишечные палочки, β-гемолитические стрептококки и др. Доказано, что по мере увеличения срока беременности повышается частота колонизации лактобациллами и бифидобактериями с одновременным уменьшением количества энтеробактерий.