Математическая модель, записанная в виде (5), (6) или (7), т.е. с помощью выражений, показывающих выходные реакции системы на входные воздействия, называется функциональной моделью. Внутренняя структура системы в таких моделях не отображается и не исследуется. Абстрактным образом функциональной модели является модель типа «черный ящик», структура которого совершенно не видна.
Другим видом записи и назначением обладают структурные математические модели - они отражают внутреннюю организацию объекта: его составные части, внутренние параметры, их связи с «входом» и «выходом». Так, для системы, функциональная модель которой есть выражение (6), структурная модель может быть записана следующим образом:
S = (X, U, Y, р1, р2),
где р1 - некоторое отношение причинно-следственного характера между состоянием и входными воздействиями, р1 U x X.
р2 - некоторое отношение между входом и выходом:
р2 (U x X) x Y.