Различают прямые и косвенные методы проведения региональной политики. В первом случае государство активно участвует в капиталовложениях, направленных на совершенствование территориальной структуры хозяйства (создание центров роста, промышленных парков, инфраструктуры в районах предпочтения и пр.). Во втором случае государство через финансовую (налоговую, таможенную) систему стремится создать соответствующий экономический «климат» в тех или иных районах для стимулирования их ускоренного развития и управления миграционными потоками.
Методы прямого участия государства в регулировании регионального развития тесно связаны с административными — это осуществление государственных региональных программ, финансируемых за счет госбюджета, отдельных структурообразующих инвестиционных проектов; размещение заказов на поставку продукции для общегосударственных нужд (в том числе для поддержки проблемных регионов) посредством контрактной системы.
Методы косвенного регулирования регионального развития включают создание специальных фондов регионального развития (федеральных, областных и др.), которые должны аккумулировать финансовые ресурсы для решения различных региональных проблем: проведения политики субвенции для предприятий, находящихся в сложных социально-экономических и экологических условиях; привлечения частных инвесторов для решения задач региональной политики; компенсации дополнительных затрат, которые несут хозяйствующие субъекты при размещении своих предприятий в районах со сложными условиями; предоставления налоговой скидки «на истощение недр», т.е. в связи с истощением запасов природных ресурсов, что особенно актуально для районов с экстремальными условиями; установления льготных ставок арендной платы при изъятии площадей под строительство предприятий, имеющих важное значение для совершенствования отраслевой и территориальной структуры экономики; введения регионально-дифференцированной амортизации, позволяющей предприятиям, расположенным в районах со сложными условиями, финансировать ускоренную амортизацию собственного производства; применения повышенных цен на экологически чистую продукцию; введения санкций для предприятий, загрязняющих окружающую среду, особенно в наиболее неблагополучных регионах.