Необходимо исключить опухолевый процесс, дизентерию, неспецифический язвенный колит, туберкулез кишечника. Для исключения дизентерийного колита и амебиаза необходимо исследование кала на дизентерийную группу и амебы. В дифференциальной диагностике с туберкулезом имеют значение туберкулезный процесс в анамнезе, преимущественное поражение илеоцекального отдела, повышение температуры, потливость, положительные туберкулиновые пробы.
Микобактерии туберкулеза в кале, как правило, не находят.
В дифференциальной диагностике хронического колита необходимо иметь в виду и функциональные расстройства кишечника, т.н. дискинезии толстой кишки или синдром раздраженной толстой кишки. Дисбактериоз встречается у всех больных хроническими энтероколитами, но степень выраженности его различна, изменяется общее количество микробов, чаще в сторону увеличения. Изменяется или резко уменьшается число молочнокислых палочек, изменяется количество сопутствующей флоры - увеличение стафилококка, протея, дрожжей, меняется соотношение числа различных микробов (кишечных палочек, энтерококков, клостридий), появляются микробы с измененными свойствами (гемолитические формы, энтеропатогенные штаммы кишечных палочек и т.д.).