Президент РФ как глава государства обеспечивает согласованное функционирование и взаимодействие органов государственной власти. Это определяет контрольные полномочия Президента РФ в сфере исполнительной власти.
Указанные полномочия реализуются при формировании Правительства РФ и других федеральных органов исполнительной власти, при назначении на должность Председателя Правительства РФ, его заместителей, федеральных министров, формировании Совета Безопасности и Администрации Президента, назначении высшего командования Вооруженных сил и полномочных представителей Президента РФ в федеральных округах.
Президент РФ осуществляет контроль за деятельностью Правительства, ему непосредственно подчинены федеральные органы исполнительной власти, ведающие вопросами обороны, безопасности, внутренних дел и другие министерства и ведомства.
Контроль в сфере исполнительной власти осуществляют также соответствующие президентские структуры, в том числе Администрация Президента, в составе которой действует Главное контрольное управление. Оно организует систематический контроль деятельности федеральных органов исполнительной власти и органов исполнительной власти субъектов РФ, по итогам проверок вносит соответствующие предложения Президенту или направляет материалы в правоохранительные органы.
Важную роль в осуществлении президентского контроля играют полномочные представители Президента в Федеральных округах.